Setelah wafatnya Rasulullah SAW, umat Islam memasuki fase baru dalam sejarah kepemimpinan yang dikenal sebagai masa Khulafaur Rasyidin. Sayyidina Ali bin Abi Thalib, sepupu sekaligus menantu Rasulullah, memegang peran sentral, namun penobatannya sebagai Khalifah Keempat tidak berjalan mulus. Era kepemimpinan Sayyidina Ali ditandai dengan serangkaian peristiwa militer dan politik yang dikenal secara kolektif sebagai "Fitnah Kubra" atau perang saudara pertama dalam Islam. Konflik ini bukan hanya pertarungan kekuasaan, melainkan juga perselisihan mendalam mengenai interpretasi keadilan, pembalasan atas pembunuhan Khalifah sebelumnya, serta isu suksesi.
Perang Sayyidina Ali secara umum merujuk pada konflik bersenjata yang terjadi selama masa pemerintahannya, di mana oposisi utama muncul dari pihak-pihak yang merasa dirugikan atau menuntut balas atas ketidakadilan yang mereka rasakan pasca kekhalifahan Utsman bin Affan. Kekacauan yang terjadi sejak pembunuhan Khalifah Utsman menciptakan iklim ketidakstabilan yang sangat rentan terhadap perpecahan bersenjata.
Salah satu konflik paling signifikan adalah Perang Jamal (Unta), yang terjadi di Basra. Nama ini berasal dari penggunaan unta sebagai kendaraan utama oleh salah satu pemimpin oposisi, yaitu Aisyah binti Abu Bakar, istri Nabi Muhammad SAW. Beliau bersama dengan Zubair bin Awwam dan Thalhah bin Ubaidillah memimpin pasukan yang menuntut keadilan atas darah Khalifah Utsman dan menolak mengakui kekhalifahan Ali sebelum isu tersebut diselesaikan.
Pertempuran ini menjadi tragedi besar karena melibatkan sahabat-sahabat senior. Meskipun Ali berusaha keras untuk menghindari pertumpahan darah, keadaan memaksanya untuk membela legitimasi kekuasaannya. Perang Jamal berakhir dengan kemenangan di pihak Ali, namun meninggalkan luka sejarah yang dalam. Zubair dan Thalhah gugur dalam pertempuran tersebut, sementara Aisyah dikembalikan ke Madinah dengan hormat setelah pertempuran usai, sebuah tindakan yang menunjukkan upaya Ali dalam menjaga kehormatan keluarga Nabi.
Konflik kedua yang mendominasi masa kekhalifahan Ali adalah Perang Shiffin, yang terjadi di tepi Sungai Efrat melawan pasukan Muawiyah bin Abi Sufyan, gubernur Syam (Suriah) dan kerabat Utsman. Muawiyah menolak mengakui kepemimpinan Ali sebelum Muawiyah diberi hak untuk membalas dendam atas kematian Utsman. Pertempuran ini berlangsung sengit dan berkepanjangan.
Puncak dari Perang Shiffin bukanlah kemenangan militer yang mutlak, melainkan insiden pengangkatan mushaf Al-Qur'an di atas tombak oleh pasukan Muawiyah. Taktik ini, yang dikenal sebagai 'tahkim' (arbitrase), berhasil memecah belah pasukan Ali. Sebagian besar pasukan Ali, terutama kelompok Qari’ (pembaca Al-Qur'an), menuntut penghentian pertempuran dan menerima arbitrase, meskipun Ali menentangnya keras karena menganggapnya sebagai jebakan politik.
Keputusan untuk menerima arbitrase memicu perpecahan internal terbesar dalam pasukan Ali. Mereka yang menolak tahkim, dengan argumen bahwa "Hukum hanya milik Allah," keluar dari barisan Ali dan membentuk kelompok baru yang radikal, yang kemudian dikenal sebagai Khawarij (mereka yang keluar). Kelompok ini menuduh Ali dan Muawiyah sama-sama melakukan dosa karena menyerahkan keputusan kepada manusia, bukan kepada wahyu.
Perang Sayyidina Ali secara tidak langsung melahirkan tiga kubu utama dalam Islam: pendukung Ali (Syiah awal), pendukung Muawiyah (yang kemudian menjadi dasar kekhalifahan Umayyah), dan Khawarij. Meskipun Ali kemudian mengalahkan Khawarij dalam Pertempuran Nahrawan, konflik internal ini menggerogoti kekuatannya secara signifikan.
Periode perang yang dialami Sayyidina Ali adalah masa paling penuh gejolak dalam sejarah politik Islam awal. Konflik-konflik ini tidak hanya membentuk garis demarkasi politik yang tegas—khususnya antara Syiah dan Sunni—tetapi juga menyoroti tantangan berat dalam menegakkan keadilan dan otoritas pusat di tengah gejolak emosi dan politik yang dipicu oleh tragedi pembunuhan khalifah sebelumnya. Kepemimpinan Ali, meskipun singkat, didominasi oleh upaya untuk menyatukan kembali umat yang terbelah oleh pedang dan perbedaan penafsiran terhadap tanggung jawab kepemimpinan.